Группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны - Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. Грандиозный Выброс аномальной энергии изменяет Зону. Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий. Сталкеры и даже экспедиции гибнут или оказываются запертыми на пропавших территориях. Новые территории, о которых ничего не было известно со времени появления Зоны, появляются на карте Зоны...
2012 год. Шесть лет прошло с момента Второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года. Действие игры происходит в Чернобыльской зоне отчуждения, превратившейся из места, где ломались судьбы, в угрозу всему человечеству. Свои тайны Зона раскрывает неохотно, через силу, и редкий герой сможет добраться до самого ее сердца и узнать – какая опасность поджидает его там?
Действие игры "S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти" разворачивается после окончания событий игры "S.T.A.L.K.E.R." и уничтожения Стрелком проекта "О-Сознание". Узнав об открытии дороги к центру Зоны, правительство решает провести крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль. Операция получает кодовое название "Фарватер". Согласно плану этой операции, первая группа военных должна направиться для воздушной разведки территории, чтобы впоследствии составить детальные планы расположения аномальных полей. Затем по отмеченным безопасным проходам выдвинутся основные силы военных...